Skābais lietus upēs un ezeros var kalpot par cēloni zivju, vēžu, kukaiņu un augu bojāejai. Pirmie skābie ezeri tika atklāti Zviedrijas dienvidos. Pašlaik Zviedrijā ir aptuveni 4000 ezeru, kuru ūdens skābums ir 10 līdz 100 reizes lielāks par normu. Īpaši bīstams skābais ūdens ir zivju ikriem. Tajos dzīvojošās zivis izmirst.
Vissliktākā situācija izveidojas, ja ezerā pēkšņi ieplūst daudz skābā lietus. Piemēram, pavasarī, kad kūst daudz sniega un ledus, un šie ūdeņi satek upēs un ezeros. Ledus visas ziemas garumā ir uzkrājis daudz skābo nokrišņu. Tad dažu dienu laikā ezers saņem tādu skābuma devu, kāda normālos apstākļos tiktu uzņemta vairāku mēnešu laikā. Dzīvie organismi šajā gadījumā saņem spēcīgu triecienu un liela daļa no tiem var aiziet bojā.
Lai paglābtu zivis no bojāejas, daudzi Norvēģijas un Zviedrijas skābie ezeri tiek kaļķoti. Kaļķi neitralizē skābi. Taču nepietiek kaļķus iebērt tikai vienu reizi. Ja skābais lietus turpina līt, kaļķi jāber atkal un atkal no jauna, bet maksā dārgi. Visvairāk no skābajiem nokrišņiem cieš Velsas, Skotijas, Norvēģijas un Zviedrijas ezeri.
Arī augsnē atrodošies metāli var nokļūt ezeros un upēs. Ja augsnē šo metālu ir daudz, lietus daļu no tiem ieskalo upēs un ezeros. Piemēram, svins un alumīnijs var kaitēt zivīm. Šie metāli uzkrājas zivju žaunās un zivis aiziet bojā.
